Også de mindste børn kan få betændelse i urinvejene, og her er pigerne mest udsatte. Spædbørn får oftest bakterierne via blodbanen eller via bakterier fra bleen. Et lille barn med en urinvejsinfektion får høj feber og mister appetitten. Barnet kan også kaste op, få diarré, og er i det hele taget meget sløjt.
Småbørn, der er meget syge, skal altid tilses af en læge, og er der mistanke om urinvejsinfektion, vil lægen næsten altid indlægge barnet til videre undersøgelse. Får barnet en urinvejsinfektion første gang, mens det er under et år, vil man ofte scanne barnets urinveje med ultralyd for at være sikker på, at det ikke har medfødte forsnævringer eller andet, der kan være baggrund for infektion.